Looduslikud taimekooslused

Taimekollektsioonid hõlmavad botaanikaaia 123 hektarist umbes 26 hektarit. Ülejäänud ala katavad looduslikud ja poollooduslikud taimekooslused. Üsna looduslähedases olekus on Pirita jõe kallastel kasvavad hall-lepikud ja siirdesoo- ning pohla kasvukohatüübi männikud. Harva esineva kooslusena kasvab botaanikaaia põhjapoolses osas tamme-männi segamets.

Enamik rohumaid on regulaarselt niidetavad. Umbes 1 ha suurusel alal toimub katse taastada puisniit. Kõige liigirikkamad kooslused on pärisaruniidud. Botaanikaaia flooras on 484 liiki pärismaiseid (indigeenseid) soontaimi, nende seas ka 14 liiki Eestis kaitstavaid taimi. Lisaks pärismaistele kasvab väljaspool kollektsioone veel vähemalt 143 nimetust võõramaiseid või inimese poolt teistest Eesti osadest sisse toodud taimi.